TY - BOOK AU - Hooper, J. N. A. AU - Van Soest, R. W. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Systema Porifera. A Guide to the Classification of Sponges PB - Kluwer Academic CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4615-0747-5_1 DO - 10.1007/978-1-4615-0747-5_1 ID - Hooper2002 ER - TY - BOOK AU - Boury-Esnault, N. AU - Rützler, K. PY - 1997 DA - 1997// TI - Thesaurus of Sponge Morphology PB - Smithsonian Institution Press CY - Washington ID - Boury-Esnault1997 ER - TY - BOOK AU - Bergquist, P. PY - 1978 DA - 1978// TI - Sponges PB - University of California Press CY - Berkeley ID - Bergquist1978 ER - TY - JOUR AU - Domingo, M. PY - 1993 DA - 1993// TI - A prototype expert system involved in classificatory tasks for sponge identification JO - Sci Mar VL - 57 ID - Domingo1993 ER - TY - CHAP AU - Domingo, M. AU - Godo, L. AU - Sierra, C. ED - Hunter, A. ED - Parsons, S. PY - 1998 DA - 1998// TI - Handling Imperfect Knowledge in Milord II for the Identification of Marine Sponges BT - Applications of Uncertainty Formalisms PB - Springer CY - Berlin UR - https://doi.org/10.1007/3-540-49426-X_6 DO - 10.1007/3-540-49426-X_6 ID - Domingo1998 ER - TY - JOUR AU - Van Soest, R. W. M. AU - Schalk, P. H. AU - Smith, K. AU - Picton, B. E. AU - Brugman, M. AU - Díaz, M. C. AU - Sanders, M. L. AU - De Weerdt, W. H. AU - Rützler, K. PY - 1996 DA - 1996// TI - POR-LINNAEUS: The application of interactive multimedia software for species data storage and computer assisted identification of Porifera JO - Bull Kon Belg Inst Natuurwet Biol VL - 66 ID - Van Soest1996 ER - TY - JOUR AU - Slattery, M. AU - Lesser, M. P. AU - Brazeau, D. AU - Stokes, M. D. AU - Leichter, J. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Connectivity and stability of mesophotic coral reefs JO - J Exp Mar Bio Ecol VL - 408 UR - https://doi.org/10.1016/j.jembe.2011.07.024 DO - 10.1016/j.jembe.2011.07.024 ID - Slattery2011 ER - TY - JOUR AU - Freeman, C. J. AU - Thacker, R. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complex interactions between marine sponges and their symbiotic microbial communities JO - Limnol Oceanogr VL - 56 UR - https://doi.org/10.4319/lo.2011.56.5.1577 DO - 10.4319/lo.2011.56.5.1577 ID - Freeman2011 ER - TY - JOUR AU - Díaz, M. C. AU - Rützler, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Sponges: an essential component of Caribbean coral reefs JO - Bull Mar Sci VL - 69 ID - Díaz2001 ER - TY - JOUR AU - Leal, M. C. AU - Puga, J. AU - Serôdio, J. AU - Gomes, N. C. M. AU - Calado, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Trends in the discovery of new marine natural products from invertebrates over the last two decades–where and what are we bioprospecting? JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0030580 DO - 10.1371/journal.pone.0030580 ID - Leal2012 ER - TY - JOUR AU - Nichols, S. A. AU - Roberts, B. W. AU - Richter, D. J. AU - Fairclough, S. R. AU - King, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Origin of metazoan cadherin diversity and the antiquity of the classical cadherin/β-catenin complex JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1120685109 DO - 10.1073/pnas.1120685109 ID - Nichols2012 ER - TY - JOUR AU - Leys, S. P. AU - Hill, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - The physiology and molecular biology of sponge tissues JO - Adv Mar Biol VL - 62 UR - https://doi.org/10.1016/B978-0-12-394283-8.00001-1 DO - 10.1016/B978-0-12-394283-8.00001-1 ID - Leys2012 ER - TY - JOUR AU - Sakarya, O. AU - Armstrong, K. A. AU - Adamska, M. AU - Adamski, M. AU - Wang, I. -. F. AU - Tidor, B. AU - Degnan, B. M. AU - Oakley, T. H. AU - Kosik, K. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - A post-synaptic scaffold at the origin of the animal kingdom JO - PLoS One VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000506 DO - 10.1371/journal.pone.0000506 ID - Sakarya2007 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Washington, N. AU - Lewis, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Ontologies: Scientific data sharing made easy JO - Nat Educ VL - 1 ID - Washington2008 ER - TY - JOUR AU - Hoehndorf, R. AU - Dumontier, M. AU - Gkoutos, G. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evaluation of research in biomedical ontologies JO - Brief Bioinform VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbs053 DO - 10.1093/bib/bbs053 ID - Hoehndorf2012 ER - TY - JOUR AU - Bard, J. B. L. AU - Rhee, S. Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ontologies in biology: design, applications and future challenges JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1295 DO - 10.1038/nrg1295 ID - Bard2004 ER - TY - JOUR AU - Mabee, P. AU - Balhoff, J. P. AU - Dahdul, W. M. AU - Lapp, H. AU - Midford, P. E. AU - Vision, T. J. AU - Westerfield, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - 500,000 fish phenotypes: the new informatics landscape for evolutionary and developmental biology of the vertebrate skeleton JO - J Appl Ichthyol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1111/j.1439-0426.2012.01985.x DO - 10.1111/j.1439-0426.2012.01985.x ID - Mabee2012 ER - TY - JOUR AU - Mabee, P. M. AU - Ashburner, M. AU - Cronk, Q. AU - Gkoutos, G. V. AU - Haendel, M. AU - Segerdell, E. AU - Mungall, C. J. AU - Westerfield, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Phenotype ontologies: the bridge between genomics and evolution JO - Trends Ecol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2007.03.013 DO - 10.1016/j.tree.2007.03.013 ID - Mabee2007 ER - TY - JOUR AU - Deans, A. R. AU - Yoder, M. J. AU - Balhoff, J. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Time to change how we describe biodiversity JO - Trends Ecol Evol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2011.11.007 DO - 10.1016/j.tree.2011.11.007 ID - Deans2012 ER - TY - CHAP AU - Horridge, M. AU - Drummond, N. AU - Goodwin, J. AU - Rector, A. AU - Stevens, R. AU - Wan, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Manchester OWL Syntax BT - OWLED ID - Horridge2006 ER - TY - JOUR AU - Smith, B. AU - Ashburner, M. AU - Rosse, C. AU - Bard, J. AU - Bug, W. AU - Ceusters, W. AU - Goldberg, L. J. AU - Eilbeck, K. AU - Ireland, A. AU - Mungall, C. J. AU - Consortium, T. O. B. I. AU - Leontis, N. AU - Rocca-Serra, P. AU - Ruttenberg, A. AU - Sansone, S. -. A. AU - Scheuermann, R. H. AU - Shah, N. AU - Whetzel, P. L. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1346 DO - 10.1038/nbt1346 ID - Smith2007 ER - TY - JOUR AU - Costa, M. AU - Reeve, S. AU - Grumbling, G. AU - Osumi-Sutherland, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Drosophila anatomy ontology JO - J Biomed Sem VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-32 DO - 10.1186/2041-1480-4-32 ID - Costa2013 ER - TY - JOUR AU - Walls, R. L. AU - Athreya, B. AU - Cooper, L. AU - Elser, J. AU - Gandolfo, M. A. AU - Jaiswal, P. AU - Mungall, C. J. AU - Preece, J. AU - Rensing, S. AU - Smith, B. AU - Stevenson, D. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ontologies as integrative tools for plant science JO - Am J Bot VL - 99 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.1200222 DO - 10.3732/ajb.1200222 ID - Walls2012 ER - TY - JOUR AU - Mungall, C. J. AU - Torniai, C. AU - Gkoutos, G. V. AU - Lewis, S. E. AU - Haendel, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Uberon, an integrative multi-species anatomy ontology JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-1-r5 DO - 10.1186/gb-2012-13-1-r5 ID - Mungall2012 ER - TY - JOUR AU - Domingo, M. AU - Martin-Baranera, M. AU - Sanz, F. AU - Sierra, C. AU - Uriz, M. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Validating SPONGIA, an expert system for sponge identification JO - Expert Syst Appl VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0957-4174(99)00013-5 DO - 10.1016/S0957-4174(99)00013-5 ID - Domingo1999 ER - TY - CHAP AU - Haendel, M. A. AU - Neuhaus, F. AU - Osumi-Sutherland, D. AU - Mabee, P. M. AU - Mejino, J. L. V. J. AU - Mungall, C. J. AU - Smith, B. AU - Neuhaus, D. S. ED - Burger, A. ED - Davidson, D. ED - Baldock, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - CARO - The Common Anatomy Reference Ontology BT - Anatomy Ontologies for Bioinformatics: Principles and Practice PB - Springer CY - Berline ID - Haendel2007 ER - TY - JOUR AU - Müller, W. E. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - The origin of metazoan complexity: Porifera as integrated animals JO - Integr Comp Biol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/icb/43.1.3 DO - 10.1093/icb/43.1.3 ID - Müller2003 ER - TY - JOUR AU - Cárdenas, P. AU - Pérez, T. AU - Boury-Esnault, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Sponge systematics facing new challenges JO - Adv Mar Biol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1016/B978-0-12-387787-1.00010-6 DO - 10.1016/B978-0-12-387787-1.00010-6 ID - Cárdenas2012 ER - TY - JOUR AU - Bard, J. AU - Rhee, S. AU - Ashburner, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - An ontology for cell types JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-2-r21 DO - 10.1186/gb-2005-6-2-r21 ID - Bard2005 ER - TY - JOUR AU - Srivastava, M. AU - Simakov, O. AU - Chapman, J. AU - Fahey, B. AU - Gauthier, M. E. A. AU - Mitros, T. AU - Richards, G. S. AU - Conaco, C. AU - Dacre, M. AU - Hellsten, U. AU - Larroux, C. AU - Putnam, N. H. AU - Stanke, M. AU - Adamska, M. AU - Darling, A. AU - Degnan, S. M. AU - Oakley, T. H. AU - Plachetzki, D. C. AU - Zhai, Y. AU - Adamski, M. AU - Calcino, A. AU - Cummins, S. F. AU - Goodstein, D. M. AU - Harris, C. AU - Jackson, D. J. AU - Leys, S. P. AU - Shu, S. AU - Woodcroft, B. J. AU - Vervoort, M. AU - Kosik, K. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity JO - Nature VL - 466 UR - https://doi.org/10.1038/nature09201 DO - 10.1038/nature09201 ID - Srivastava2010 ER - TY - JOUR AU - Hastings, J. AU - de Matos, P. AU - Dekker, A. AU - Ennis, M. AU - Harsha, B. AU - Kale, N. AU - Muthukrishnan, V. AU - Owen, G. AU - Turner, S. AU - Williams, M. AU - Steinbeck, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - The ChEBI reference database and ontology for biologically relevant chemistry: enhancements for 2013 JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1146 DO - 10.1093/nar/gks1146 ID - Hastings2013 ER - TY - JOUR AU - Gkoutos, G. V. AU - Green, E. C. AU - Mallon, A. M. AU - Hancock, J. M. AU - Davidson, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Using ontologies to describe mouse phenotypes JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-6-1-r8 DO - 10.1186/gb-2004-6-1-r8 ID - Gkoutos2005 ER - TY - JOUR AU - Thacker, R. W. AU - Hill, A. L. AU - Hill, M. S. AU - Redmond, N. E. AU - Collins, A. G. AU - Morrow, C. C. AU - Spicer, L. AU - Carmack, C. A. AU - Zappe, M. E. AU - Pohlmann, D. AU - Hall, C. AU - Diaz, M. C. AU - Bangalore, P. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Nearly complete 28S rRNA gene sequences confirm new hypotheses of sponge evolution JO - Integr Comp Biol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1093/icb/ict071 DO - 10.1093/icb/ict071 ID - Thacker2013 ER - TY - JOUR AU - Wörheide, G. AU - Dohrmann, M. AU - Erpenbeck, D. AU - Larroux, C. AU - Maldonado, M. AU - Voigt, O. AU - Borchiellini, C. AU - Lavrov, D. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Deep phylogeny and evolution of sponges (phylum Porifera) JO - Adv Mar Biol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1016/B978-0-12-387787-1.00007-6 DO - 10.1016/B978-0-12-387787-1.00007-6 ID - Wörheide2012 ER - TY - CHAP AU - Hooper, J. N. A. AU - Lévi, C. ED - Van Soest, R. W. M. ED - Van Kempen, T. M. G. ED - Braekman, J. C. PY - 1994 DA - 1994// TI - Biogeography of Indo-west Pacific sponges: Microcionidae, Raspailiidae, Axinellidae BT - Sponges in Time and Space PB - Balkema CY - Rotterdam ID - Hooper1994 ER - TY - JOUR AU - Erwin, P. M. AU - Thacker, R. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Phylogenetic analyses of marine sponges within the order Verongida: a comparison of morphological and molecular data JO - Invertebr Biol VL - 126 UR - https://doi.org/10.1111/j.1744-7410.2007.00092.x DO - 10.1111/j.1744-7410.2007.00092.x ID - Erwin2007 ER - TY - JOUR AU - Diaz, M. C. AU - Thacker, R. W. AU - Redmond, N. E. AU - Matterson, K. O. AU - Collins, A. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phylogenetic novelties and geographic anomalies among tropical Verongida JO - Integr Comp Biol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1093/icb/ict033 DO - 10.1093/icb/ict033 ID - Diaz2013 ER - TY - JOUR AU - Redmond, N. E. AU - Morrow, C. C. AU - Thacker, R. W. AU - Diaz, M. C. AU - Boury-Esnault, N. AU - Cárdenas, P. AU - Hajdu, E. AU - Lôbo-Hajdu, G. AU - Picton, B. E. AU - Pomponi, S. A. AU - Kayal, E. AU - Collins, A. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phylogeny and systematics of Demospongiae in light of new small-subunit ribosomal DNA (18S) sequences JO - Integr Comp Biol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1093/icb/ict078 DO - 10.1093/icb/ict078 ID - Redmond2013 ER - TY - JOUR AU - Morrow, C. C. AU - Redmond, N. E. AU - Picton, B. E. AU - Thacker, R. W. AU - Collins, A. G. AU - Maggs, C. A. AU - Sigwart, J. D. AU - Allcock, A. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Molecular phylogenies support homoplasy of multiple morphological characters used in the taxonomy of Heteroscleromorpha (Porifera: Demospongiae) JO - Integr Comp Biol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1093/icb/ict065 DO - 10.1093/icb/ict065 ID - Morrow2013 ER - TY - JOUR AU - Morrow, C. C. AU - Picton, B. E. AU - Erpenbeck, D. AU - Boury-Esnault, N. AU - Maggs, C. A. AU - Allcock, A. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Congruence between nuclear and mitochondrial genes in Demospongiae: a new hypothesis for relationships within the G4 clade (Porifera: Demospongiae) JO - Mol Phylogenet Evol VL - 62 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2011.09.016 DO - 10.1016/j.ympev.2011.09.016 ID - Morrow2012 ER - TY - JOUR AU - Jones, W. C. PY - 1967 DA - 1967// TI - Sheath and axial filament of calcareous sponge spicules JO - Nature VL - 214 UR - https://doi.org/10.1038/214365a0 DO - 10.1038/214365a0 ID - Jones1967 ER - TY - JOUR AU - Müller, W. E. AU - Rothenberger, M. AU - Boreiko, A. AU - Tremel, W. AU - Reiber, A. AU - Schröder, H. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Formation of silicieous spicules in the marine demosponge Suberites domuncula JO - Cell Tissue Res VL - 321 UR - https://doi.org/10.1007/s00441-005-1141-5 DO - 10.1007/s00441-005-1141-5 ID - Müller2005 ER - TY - JOUR AU - Franz, N. M. AU - Goldstein, A. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phenotype ontologies: are homology relations central enough? A reply to Deans et al JO - Trends Ecol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2012.08.001 DO - 10.1016/j.tree.2012.08.001 ID - Franz2013 ER - TY - JOUR AU - Savarese, M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Functional significance of regular archaeocyathan central cavity diameter: a biomechanical and paleoecological test JO - Paleobiology VL - 21 ID - Savarese1995 ER - TY - JOUR AU - Kerner, A. AU - Debrenne, F. AU - Vignes-Lebbe, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cambrian archaeocyathan metazoans: revision of morphological characters and standardization of genus descriptions to establish an online identification tool JO - Zookeys VL - 150 UR - https://doi.org/10.3897/zookeys.150.1566 DO - 10.3897/zookeys.150.1566 ID - Kerner2011 ER - TY - JOUR AU - Bauer, S. AU - Sebastian, K. AU - Schulz, M. H. AU - Robinson, P. N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Accurate and noise-tolerant searching in ontologies with frequency information JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts471 DO - 10.1093/bioinformatics/bts471 ID - Bauer2012 ER - TY - CHAP AU - Burleigh, J. G. AU - Alphonse, K. AU - Alverson, A. J. AU - Bik, H. M. AU - Blank, C. AU - Cirranello, A. L. AU - Cui, H. AU - Daly, M. AU - Dietterich, T. G. AU - Gasparich, G. AU - Irvine, J. AU - Julius, M. AU - Passarotti, M. AU - Law, E. AU - Moore, L. AU - Ranade, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Next-generation phenomics for the Tree of Life BT - PLOS Curr Tree Life ID - Burleigh2013 ER - TY - JOUR AU - Day-Richter, J. AU - Harris, M. A. AU - Haendel, M. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - OBO-Edit - an ontology editor for biologists JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm112 DO - 10.1093/bioinformatics/btm112 ID - Day-Richter2007 ER - TY - CHAP AU - Horridge, M. AU - Tsarkov, D. AU - Redmond, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Supporting early adoption of OWL 1.1 with Protege-OWL and FaCT++ BT - OWLED ID - Horridge2006 ER - TY - CHAP AU - Shearer, R. AU - Motik, B. AU - Horrocks, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - HermiT: A highly-efficient OWL reasoner BT - OWLED ID - Shearer2008 ER - TY - BOOK AU - Mungall, C. J. AU - Dietze, H. AU - Carbon, S. J. AU - Ireland, A. AU - Bauer, S. AU - Lewis, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Continuous Integration of Open Biological Ontology Libraries ID - Mungall2012 ER -