Concept selection for phenotypes and diseases using learn to rank

Table 6 Comparison of stand-alone systems on training data

ID	Sys	P	R	F1	ID	Sys	P	R	F1
T047	M1	0.39	0.55	0.45	T191	M1	0.24	0.30	0.26
	M2	0.03	0.01	0.02		M2	0.05	0.03	0.04
	M3	0.44	0.63	0.52		M3	0.29	0.64	0.40
	M4	0.58	0.28	0.38		M4	0.21	0.25	0.23
	M5	0.72	0.22	0.34		M5	0.38	0.23	0.28
	M6	0.58	0.27	0.37		M6	0.21	0.25	0.23
	M7	0.58	0.28	0.38		M7	0.22	0.25	0.23
	M8	0.58	0.28	0.38		M8	0.21	0.25	0.23
	M9	0.58	0.28	0.38		M9	0.21	0.25	0.23
T184	M1	0.35	0.61	0.45	T048	M1	0.28	0.49	0.35
	M2	0.02	0.01	0.01		M2	0.04	0.03	0.03
	M3	0.47	0.58	0.52		M3	0.45	0.55	0.50
	M4	0.62	0.41	0.49		M4	0.53	0.34	0.42
	M5	0.68	0.36	0.47		M5	0.67	0.27	0.38
	M6	0.61	0.40	0.49		M6	0.54	0.35	0.43
	M7	0.61	0.41	0.49		M7	0.54	0.34	0.42
	M8	0.62	0.41	0.49		M8	0.53	0.34	0.42
	M9	0.62	0.41	0.49		M9	0.53	0.34	0.42
T046	M1	0.28	0.62	0.39	T033	M1	0.01	0.36	0.01
	M2	0.03	0.04	0.03		M2	0.00	0.00	0.00
	M3	0.30	0.69	0.42		M3	0.00	0.11	0.00
	M4	0.50	0.34	0.40		M4	0.00	0.13	0.01
	M5	0.50	0.26	0.34		M5	0.00	0.13	0.01
	M6	0.49	0.33	0.39		M6	0.00	0.13	0.01
	M7	0.50	0.34	0.41		M7	0.00	0.13	0.01
	M8	0.50	0.34	0.40		M8	0.00	0.13	0.01
	M9	0.50	0.34	0.40		M9	0.00	0.13	0.01
T037	M1	0.19	0.24	0.21	T020	M1	0.36	0.50	0.42
	M2	0.00	0.00	0.00		M2	0.00	0.00	0.00
	M3	0.26	0.34	0.30		M3	0.33	0.57	0.42
	M4	0.38	0.22	0.28		M4	0.36	0.36	0.36
	M5	0.42	0.21	0.28		M5	0.36	0.21	0.27
	M6	0.36	0.20	0.25		M6	0.36	0.33	0.35
	M7	0.37	0.21	0.27		M7	0.36	0.36	0.36
	M8	0.38	0.22	0.28		M8	0.36	0.36	0.36
	M9	0.38	0.22	0.28		M9	0.36	0.36	0.36
T190	M1	0.12	0.44	0.19	T019	M1	0.40	0.11	0.18
	M2	0.01	0.01	0.01		M2	0.00	0.00	0.00
	M3	0.12	0.55	0.19		M3	0.58	0.14	0.23
	M4	0.28	0.22	0.25		M4	0.27	0.07	0.11
	M5	0.32	0.19	0.24		M5	0.34	0.06	0.11
	M6	0.28	0.22	0.25		M6	0.25	0.07	0.11
	M7	0.28	0.22	0.25		M7	0.27	0.07	0.11
	M8	0.28	0.22	0.25		M8	0.27	0.07	0.11
	M9	0.28	0.22	0.25		M9	0.27	0.07	0.11

Type-based micro precision, recall and F1 of the individual systems on the training data. The highest scoring system F1 for each semantic type is shown in bold. Note that italics scores indicate the highest level achieved for recall and precision for each semantic type by any system.

ISSN: 2041-1480