TY - JOUR AU - Buttigieg, P. L. AU - Morrison, N. AU - Smith, B. AU - Mungall, C. J. AU - Lewis, S. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - The environment ontology: contextualising biological and biomedical entities JO - J Biomed Semant VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-43 DO - 10.1186/2041-1480-4-43 ID - Buttigieg2013 ER - TY - JOUR AU - Field, D. AU - Amaral-Zettler, L. AU - Cochrane, G. AU - Cole, J. R. AU - Dawyndt, P. AU - Garrity, G. M. AU - Gilbert, J. AU - Glöckner, F. O. AU - Hirschman, L. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Klenk, H. -. P. AU - Knight, R. AU - Kottmann, R. AU - Kyrpides, N. AU - Meyer, F. AU - San Gil, I. AU - Sansone, S. -. A. AU - Schriml, L. M. AU - Sterk, P. AU - Tatusova, T. AU - Ussery, D. W. AU - White, O. AU - Wooley, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - The Genomic Standards Consortium JO - PLoS Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001088 DO - 10.1371/journal.pbio.1001088 ID - Field2011 ER - TY - JOUR AU - Pesant, S. AU - Not, F. AU - Picheral, M. AU - Kandels-Lewis, S. AU - Bescot, N. AU - Gorsky, G. AU - Iudicone, D. AU - Karsenti, E. AU - Speich, S. AU - Troublé, R. AU - Dimier, C. AU - Searson, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Open science resources for the discovery and analysis of Tara Oceans data JO - Sci Data VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/sdata.2015.23 DO - 10.1038/sdata.2015.23 ID - Pesant2015 ER - TY - JOUR AU - Savio, D. AU - Sinclair, L. AU - Ijaz, U. Z. AU - Parajka, J. AU - Reischer, G. H. AU - Stadler, P. AU - Blaschke, A. P. AU - Blöschl, G. AU - Mach, R. L. AU - Kirschner, A. K. T. AU - Farnleitner, A. H. AU - Eiler, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bacterial diversity along a 2600 km river continuum JO - Environ Microbiol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.12886 DO - 10.1111/1462-2920.12886 ID - Savio2015 ER - TY - JOUR AU - Kopf, A. AU - Bicak, M. AU - Kottmann, R. AU - Schnetzer, J. AU - Kostadinov, I. AU - Lehmann, K. AU - Fernandez-Guerra, A. AU - Jeanthon, C. AU - Rahav, E. AU - Ullrich, M. AU - Wichels, A. AU - Gerdts, G. AU - Polymenakou, P. AU - Kotoulas, G. AU - Siam, R. AU - Abdallah, R. Z. AU - Sonnenschein, E. C. AU - Cariou, T. AU - O’Gara, F. AU - Jackson, S. AU - Orlic, S. AU - Steinke, M. AU - Busch, J. AU - Duarte, B. AU - Caçador, I. AU - Canning-Clode, J. AU - Bobrova, O. AU - Marteinsson, V. AU - Reynisson, E. AU - Loureiro, C. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - The ocean sampling day consortium JO - Gigascience VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/s13742-015-0066-5 DO - 10.1186/s13742-015-0066-5 ID - Kopf2015 ER - TY - JOUR AU - Leung, M. H. Y. AU - Wilkins, D. AU - Li, E. K. T. AU - Kong, F. K. F. AU - Lee, P. K. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Indoor-air microbiome in an urban subway network: diversity and dynamics JO - Appl Env Microbiol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02244-14 DO - 10.1128/AEM.02244-14 ID - Leung2014 ER - TY - JOUR AU - Hartmann, M. AU - Niklaus, P. A. AU - Zimmermann, S. AU - Schmutz, S. AU - Kremer, J. AU - Abarenkov, K. AU - Lüscher, P. AU - Widmer, F. AU - Frey, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Resistance and resilience of the forest soil microbiome to logging-associated compaction JO - ISME J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2013.141 DO - 10.1038/ismej.2013.141 ID - Hartmann2014 ER - TY - JOUR AU - Meyer, F. AU - Paarmann, D. AU - D’souza, M. AU - Olson, R. AU - Glass, E. M. AU - Kubal, M. AU - Paczian, T. AU - Rodriguez, A. AU - Stevens, R. AU - Wilke, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The metagenomics RAST server - a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes JO - BMC Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-386 DO - 10.1186/1471-2105-9-386 ID - Meyer2008 ER - TY - STD TI - iMicrobe metagenomic record annotations with ENVO [https://github.com/hurwitzlab/imicrobe-lib/blob/master/docs/mapping_files/CameraMetadata_ENVO_working_copy.csv]. Accessed 14 Sept 2016. UR - https://github.com/hurwitzlab/imicrobe-lib/blob/master/docs/mapping_files/CameraMetadata_ENVO_working_copy.csv ID - ref9 ER - TY - JOUR AU - Smith, B. AU - Ashburner, M. AU - Rosse, C. AU - Bard, J. AU - Bug, W. AU - Ceusters, W. AU - Goldberg, L. J. AU - Eilbeck, K. AU - Ireland, A. AU - Mungall, C. J. AU - Leontis, N. AU - Rocca-Serra, P. AU - Ruttenberg, A. AU - Sansone, S. -. A. AU - Scheuermann, R. H. AU - Shah, N. AU - Whetzel, P. L. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1346 DO - 10.1038/nbt1346 ID - Smith2007 ER - TY - JOUR AU - Deck, J. AU - Barker, K. AU - Beaman, R. AU - Buttigieg, P. L. AU - Dröge, G. AU - Miller, C. AU - Tuama, É. Ó. AU - Murrell, Z. AU - Parr, C. AU - Robbins, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Clarifying Concepts and Terms in Biodiversity Informatics JO - Stand Genomic Sci VL - 8 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.3907833 DO - 10.4056/sigs.3907833 ID - Deck2013 ER - TY - JOUR AU - Walls, R. L. AU - Guralnick, R. AU - Deck, J. AU - Buntzman, A. AU - Buttigieg, P. L. AU - Davies, N. AU - Denslow, M. W. AU - Gallery, R. E. AU - Parnell, J. J. AU - Osumi-sutherland, D. AU - Robbins, R. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Meeting report : advancing practical applications of biodiversity ontologies JO - Stand Genomic Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1944-3277-9-17 DO - 10.1186/1944-3277-9-17 ID - Walls2014 ER - TY - JOUR AU - Thessen, A. E. AU - Bunker, D. E. AU - Buttigieg, P. L. AU - Cooper, L. D. AU - Dahdul, W. M. AU - Domisch, S. AU - Franz, N. M. AU - Jaiswal, P. AU - Lawrence-dill, C. J. AU - Midford, P. E. AU - Mungall, C. J. AU - Ram, J. AU - Zhang, G. AU - Deans, A. R. AU - Huala, E. AU - Lewis, S. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Emerging semantics to link phenotype and environment JO - Peer J VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1470 DO - 10.7717/peerj.1470 ID - Thessen2015 ER - TY - JOUR AU - Walls, R. L. AU - Deck, J. AU - Guralnick, R. AU - Baskauf, S. AU - Beaman, R. AU - Blum, S. AU - Bowers, S. AU - Buttigieg, P. L. AU - Davies, N. AU - Endresen, D. AU - Gandolfo, M. A. AU - Hanner, R. AU - Janning, A. AU - Krishtalka, L. AU - Matsunaga, A. AU - Midford, P. AU - Morrison, N. AU - Tuama, É. Ó. AU - Schildhauer, M. AU - Smith, B. AU - Stucky, B. J. AU - Thomer, A. AU - Wieczorek, J. AU - Whitacre, J. AU - Wooley, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089606 DO - 10.1371/journal.pone.0089606 ID - Walls2014 ER - TY - JOUR AU - Rocca-Serra, P. AU - Brandizi, M. AU - Maguire, E. AU - Sklyar, N. AU - Taylor, C. AU - Begley, K. AU - Field, D. AU - Harris, S. AU - Hide, W. AU - Hofmann, O. AU - Neumann, S. AU - Sterk, P. AU - Tong, W. AU - Sansone, S. -. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - ISA software suite: supporting standards-compliant experimental annotation and enabling curation at the community level JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq415 DO - 10.1093/bioinformatics/btq415 ID - Rocca-Serra2010 ER - TY - JOUR AU - Wieczorek, J. AU - Bloom, D. AU - Guralnick, R. AU - Blum, S. AU - Döring, M. AU - Giovanni, R. AU - Robertson, T. AU - Vieglais, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Darwin Core: an evolving community-developed biodiversity data standard JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029715 DO - 10.1371/journal.pone.0029715 ID - Wieczorek2012 ER - TY - JOUR AU - Wieczorek, J. AU - Bánki, O. AU - Blum, S. AU - Deck, J. AU - Döring, M. AU - Dröge, G. AU - Endresen, D. AU - Goldstein, P. AU - Leary, P. AU - Krishtalka, L. AU - Tuama, É. Ó. AU - Robbins, R. J. AU - Robertson, T. AU - Yilmaz, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Meeting Report: GBIF hackathon-workshop on Darwin Core and sample data (22-24 May 2013) JO - Stand Genomic Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.4898640 DO - 10.4056/sigs.4898640 ID - Wieczorek2014 ER - TY - JOUR AU - Henschel, A. AU - Anwar, M. Z. AU - Manohar, V. PY - 2015 DA - 2015// TI - Comprehensive Meta-analysis of Ontology Annotated 16S rRNA Profiles Identifies Beta Diversity Clusters of Environmental Bacterial Communities JO - PLoS Comput Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004468 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004468 ID - Henschel2015 ER - TY - STD TI - Parr CS, Wilson N, Schulz K, Leary P, Hammock J, Rice J, Corrigan Jr. RJ. TraitBank: Practical semantics for organism attribute data. Semant Web – Interoperability, Usability, Appl 2014, 650-1860. ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Poelen, J. H. AU - Simons, J. D. AU - Mungall, C. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Global biotic interactions: An open infrastructure to share and analyze species-interaction datasets JO - Ecol Inf VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.ecoinf.2014.08.005 DO - 10.1016/j.ecoinf.2014.08.005 ID - Poelen2014 ER - TY - STD TI - Xiang Z, Mungall CJ, Ruttenberg A, He Y. Ontobee: A Linked Data Server and Browser for Ontology Terms. In Proceedings of the 2nd International Conference on Biomedical Ontologies (ICBO). Volume 1. Buffalo: CEUR Workshop Proceedings (CEUR-WS.org); 2011. p. 279–281. http://ceur-ws.org/Vol-833/. UR - http://ceur-ws.org/Vol-833/ ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Day-Richter, J. AU - Harris, M. A. AU - Haendel, M. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - OBO-Edit--an ontology editor for biologists JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm112 DO - 10.1093/bioinformatics/btm112 ID - Day-Richter2007 ER - TY - STD TI - The Relations Ontology Code repository [https://github.com/oborel/obo-relations]. Accessed 14 Sept 2016. UR - https://github.com/oborel/obo-relations ID - ref23 ER - TY - STD TI - Basic Formal Ontology 2.0: Draft Specification and User’s Guide [https://github.com/BFO-ontology/BFO/raw/master/docs/bfo2-reference/BFO2-Reference.pdf]. Accessed 14 Sept 2016. UR - https://github.com/BFO-ontology/BFO/raw/master/docs/bfo2-reference/BFO2-Reference.pdf ID - ref24 ER - TY - STD TI - The Environment Ontology Issue Tracker [https://github.com/EnvironmentOntology/envo/issues]. Accessed 14 Sept 2016. UR - https://github.com/EnvironmentOntology/envo/issues ID - ref25 ER - TY - STD TI - Overton JA, Dietze H, Essaid S, Osumi-sutherland D, Mungall CJ. ROBOT : A command-line tool for ontology development. In Proceedings of the International Conference on Biomedical Ontology (ICBO). Lisbon: CEUR Workshop Proceedings (CEUR-WS.org); 2015. p. 131–132. http://ceur-ws.org/Vol-1515/. UR - http://ceur-ws.org/Vol-1515/ ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Courtot, M. AU - Gibson, F. AU - Lister, A. L. AU - Malone, J. AU - Schober, D. AU - Brinkman, R. R. AU - Ruttenberg, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - MIREOT: the Minimum Information to Reference an External Ontology Term Institute of Medical Biometry and Medical Informatics (IMBI), University Medical JO - Appl Ontol VL - 6 ID - Courtot2011 ER - TY - JOUR AU - Mungall, C. J. AU - Torniai, C. AU - Gkoutos, G. V. AU - Lewis, S. E. AU - Haendel, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Uberon, an integrative multi-species anatomy ontology JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-1-r5 DO - 10.1186/gb-2012-13-1-r5 ID - Mungall2012 ER - TY - JOUR AU - Degtyarenko, K. AU - Matos, P. AU - Ennis, M. AU - Hastings, J. AU - Zbinden, M. AU - McNaught, A. AU - Alcántara, R. AU - Darsow, M. AU - Guedj, M. AU - Ashburner, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Degtyarenko2008 ER - TY - JOUR AU - Dietze, H. AU - Berardini, T. Z. AU - Foulger, R. E. AU - Hill, D. P. AU - Lomax, J. AU - Osumi-Sutherland, D. AU - Roncaglia, P. AU - Mungall, C. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - TermGenie - a web-application for pattern-based ontology class generation JO - J Biomed Semant VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-5-48 DO - 10.1186/2041-1480-5-48 ID - Dietze2014 ER - TY - JOUR AU - Pafilis, E. AU - Frankild, S. P. AU - Schnetzer, J. AU - Fanini, L. AU - Faulwetter, S. AU - Pavloudi, C. AU - Vasileiadou, K. AU - Leary, P. AU - Hammock, J. AU - Schulz, K. AU - Parr, C. S. AU - Arvanitidis, C. AU - Jensen, L. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - ENVIRONMENTS and EOL: identification of Environment Ontology terms in text and the annotation of the Encyclopedia of Life JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv045 DO - 10.1093/bioinformatics/btv045 ID - Pafilis2015 ER - TY - JOUR AU - Yilmaz, P. AU - Kottmann, R. AU - Field, D. AU - Knight, R. AU - Cole, J. R. AU - Amaral-Zettler, L. AU - Gilbert, J. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Johnston, A. AU - Cochrane, G. AU - Vaughan, R. AU - Hunter, C. AU - Park, J. AU - Morrison, N. AU - Rocca-Serra, P. AU - Sterk, P. AU - Arumugam, M. AU - Bailey, M. AU - Baumgartner, L. AU - Birren, B. W. AU - Blaser, M. J. AU - Bonazzi, V. AU - Booth, T. AU - Bork, P. AU - Bushman, F. D. AU - Buttigieg, P. L. AU - Chain, P. S. G. AU - Charlson, E. AU - Costello, E. K. AU - Huot-Creasy, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1823 DO - 10.1038/nbt.1823 ID - Yilmaz2011 ER - TY - JOUR AU - Glass, E. M. AU - Dribinsky, Y. AU - Yilmaz, P. AU - Levin, H. AU - Pelt, R. AU - Wendel, D. AU - Wilke, A. AU - Eisen, J. A. AU - Huse, S. AU - Shipanova, A. AU - Sogin, M. AU - Stajich, J. AU - Knight, R. AU - Meyer, F. AU - Schriml, L. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - MIxS-BE: a MIxS extension defining a minimum information standard for sequence data from the built environment JO - ISME J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2013.176 DO - 10.1038/ismej.2013.176 ID - Glass2014 ER - TY - STD TI - ten Hoopen P, Amid C, Buttigieg PL, Pafilis E, Bravakos P, Cerdeño-Tárraga AM, Gibson R, Kahlke T, Legaki A, Murthy KN, Papastefanou G, Pereira E, Rossello M, Toribio AL, Cochrane G. Value, but high costs in post-deposition data curation. Database 2016:1–10. doi: 10.1093/database/bav126. ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Lund, H. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - What is a forest? Definitions do make a difference: An example from Turkey JO - Avrasya Terim Derg VL - 2 ID - Lund2014 ER - TY - JOUR AU - Sasaki, N. AU - Putz, F. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Critical need for new definitions of “forest” and “forest degradation” in global climate change agreements JO - Conserv Lett VL - 2 UR - https://doi.org/10.1111/j.1755-263X.2009.00067.x DO - 10.1111/j.1755-263X.2009.00067.x ID - Sasaki2009 ER - TY - JOUR AU - Sexton, J. O. AU - Noojipady, P. AU - Song, X. -. P. AU - Feng, M. AU - Song, D. -. X. AU - Kim, D. -. H. AU - Anand, A. AU - Huang, C. AU - Channan, S. AU - Pimm, S. L. AU - Townshend, J. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Conservation policy and the measurement of forests JO - Nat Clim Chang VL - 6 ID - Sexton2015 ER - TY - JOUR AU - Mungall, C. J. AU - Bada, M. AU - Berardini, T. Z. AU - Deegan, J. AU - Ireland, A. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Lomax, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cross-product extensions of the Gene Ontology JO - J Biomed Semant Inf VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbi.2010.02.002 DO - 10.1016/j.jbi.2010.02.002 ID - Mungall2011 ER - TY - JOUR AU - Parr, C. S. AU - Wilson, N. AU - Leary, P. AU - Schulz, K. S. AU - Lans, K. AU - Walley, L. AU - Hammock, J. A. AU - Goddard, A. AU - Rice, J. AU - Studer, M. AU - Holmes, J. T. G. AU - Corrigan, R. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - The encyclopedia of life v2: providing global access to knowledge about life on earth JO - Biodiv Data J VL - 29 UR - https://doi.org/10.3897/BDJ.2.e1079 DO - 10.3897/BDJ.2.e1079 ID - Parr2014 ER - TY - STD TI - The Tree of Life Web Project [http://tolweb.org]. Accessed 14 Sept 2016. UR - http://tolweb.org ID - ref40 ER - TY - JOUR AU - Huerta-Cepas, J. AU - Capella-Gutierrez, S. AU - Pryszcz, L. P. AU - Marcet-Houben, M. AU - Gabaldon, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1177 DO - 10.1093/nar/gkt1177 ID - Huerta-Cepas2014 ER - TY - CHAP AU - Piel, W. H. AU - Donoghue, M. J. AU - Sanderson, M. J. ED - Shimura, J. ED - Wilson, K. L. ED - Gordon, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - TreeBASE: a database of phylogenetic knowledge BT - To the interoperable “Catalog of Life” with partners Species 2000 Asia Oceanea. Research report no. 171 PB - The National Institute for Environmental Studies CY - Tsukuba, Japan ID - Piel2002 ER - TY - STD TI - Vos R, Lapp H, Piel W, Tannen V. TreeBASE2: Rise of the Machines. Available from Nature Precedings; 2010. ID - ref43 ER - TY - STD TI - IUCN: The IUCN Red List of Threatened Species. Version 2015-4 2015:http://www.iucnredlist.org. Accessed 14 Sept 2016. UR - http://www.iucnredlist.org ID - ref44 ER - TY - STD TI - The Environment Ontology’s experimental habitat branch [https://github.com/EnvironmentOntology/envo-habitats]. Accessed 14 Sept 2016. UR - https://github.com/EnvironmentOntology/envo-habitats ID - ref45 ER - TY - STD TI - Experimental ENVO Habitat Classes Derived from ENVIRONMENTS-EOL [http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.35393]. Accessed 14 Sept 2016. ID - ref46 ER - TY - JOUR AU - Groom, Q. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Piecing together the biogeographic history of Chenopodium vulvaria L. using botanical literature and collections JO - Peer J VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.723 DO - 10.7717/peerj.723 ID - Groom2015 ER - TY - JOUR AU - Elith, J. AU - Leathwick, J. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Species distribution models: ecological explanation and prediction across space and time JO - Ann Rev Ecol Evol Syst VL - 40 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.110308.120159 DO - 10.1146/annurev.ecolsys.110308.120159 ID - Elith2009 ER - TY - JOUR AU - Hall, L. S. AU - Krausman, P. R. AU - Morrison, M. L. PY - 1997 DA - 1997// TI - The habitat concept and a plea for standard terminology JO - Wildl Soc Bull VL - 25 ID - Hall1997 ER - TY - JOUR AU - Kearney, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Habitat, environment and niche: What are we modelling? JO - Oikos VL - 115 UR - https://doi.org/10.1111/j.2006.0030-1299.14908.x DO - 10.1111/j.2006.0030-1299.14908.x ID - Kearney2006 ER - TY - STD TI - Schmidt TSB, Matias Rodrigues JF, von Mering C. Limits to robustness and reproducibility in thedemarcation of operational taxonomic units. Env Microbiol. 2014;17:1689–706. ID - ref51 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, T. S. B. AU - Matias Rodrigues, J. F. AU - Mering, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Ecological consistency of SSU rRNA-based operational taxonomic units at a global scale JO - PLoS Comput Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003594 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003594 ID - Schmidt2014 ER - TY - JOUR AU - Mahé, F. AU - Rognes, T. AU - Quince, C. AU - Vargas, C. AU - Dunthorn, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Swarm: robust and fast clustering method for amplicon-based studies JO - Peer J VL - 2 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.593 DO - 10.7717/peerj.593 ID - Mahé2014 ER - TY - JOUR AU - Eren, A. M. AU - Maignien, L. AU - Sul, W. J. AU - Murphy, L. G. AU - Grim, S. L. AU - Morrison, H. G. AU - Sogin, M. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Oligotyping: differentiating between closely related microbial taxa using 16S rRNA gene data JO - Methods Ecol Evol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1111/2041-210X.12114 DO - 10.1111/2041-210X.12114 ID - Eren2013 ER - TY - STD TI - Eren a M, Morrison HG, Lescault PJ, Reveillaud J, Vineis JH, Sogin ML. Minimum entropy decomposition: Unsupervised oligotyping for sensitive partitioning of high-throughput marker gene sequences. ISME J. 2014;9:968–79. ID - ref55 ER - TY - JOUR AU - Ellis, E. C. AU - Ramankutty, N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Putting people in the map: anthropogenic biomes of the world JO - Front Ecol Env VL - 6 UR - https://doi.org/10.1890/070062 DO - 10.1890/070062 ID - Ellis2008 ER - TY - JOUR AU - Talisuna, A. AU - Adibaku, S. AU - Dorsey, G. AU - Kamya, M. R. AU - Rosenthal, P. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Malaria in Uganda: challenges to control on the long road to elimination. II. The path forward JO - Acta Trop VL - 121 UR - https://doi.org/10.1016/j.actatropica.2011.06.013 DO - 10.1016/j.actatropica.2011.06.013 ID - Talisuna2012 ER - TY - JOUR AU - Wanzirah, H. AU - Tusting, L. S. AU - Arinaitwe, E. AU - Katureebe, A. AU - Maxwell, K. AU - Rek, J. AU - Bottomley, C. AU - Staedke, S. G. AU - Kamya, M. AU - Dorsey, G. AU - Lindsay, S. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Mind the gap: house structure and the risk of malaria in Uganda JO - PLoS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0117396 DO - 10.1371/journal.pone.0117396 ID - Wanzirah2015 ER - TY - JOUR AU - Pletscher-Frankild, S. AU - Pallejà, A. AU - Tsafou, K. AU - Binder, J. X. AU - Jensen, L. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - DISEASES: Text mining and data integration of disease-gene associations JO - Methods VL - 74 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2014.11.020 DO - 10.1016/j.ymeth.2014.11.020 ID - Pletscher-Frankild2014 ER - TY - JOUR AU - Groza, T. AU - Köhler, S. AU - Doelken, S. AU - Collier, N. AU - Oellrich, A. AU - Smedley, D. AU - Couto, F. M. AU - Baynam, G. AU - Zankl, A. AU - Robinson, P. N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Automatic concept recognition using the human phenotype ontology reference and test suite corpora JO - Database (Oxford) VL - 2015 UR - https://doi.org/10.1093/database/bav005 DO - 10.1093/database/bav005 ID - Groza2015 ER - TY - JOUR AU - Tringe, S. G. AU - Zhang, T. AU - Liu, X. AU - Yu, Y. AU - Lee, W. H. AU - Yap, J. AU - Yao, F. AU - Suan, S. T. AU - Ing, S. K. AU - Haynes, M. AU - Rohwer, F. AU - Wei, C. L. AU - Tan, P. AU - Bristow, J. AU - Rubin, E. M. AU - Ruan, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Airborne Metagenome in an Indoor Urban Environment JO - PLoS ONE VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0001862 DO - 10.1371/journal.pone.0001862 ID - Tringe2008 ER - TY - JOUR AU - Hospodsky, D. AU - Qian, J. AU - Nazaroff, W. W. AU - Yamamoto, N. AU - Bibby, K. AU - Rismani-Yazdi, H. AU - Peccia, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human occupancy as a source of indoor airborne bacteria JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0034867 DO - 10.1371/journal.pone.0034867 ID - Hospodsky2012 ER - TY - JOUR AU - Adams, R. I. AU - Bateman, A. C. AU - Bik, H. M. AU - Meadow, J. F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Microbiota of the indoor environment: a meta-analysis JO - Microbiome VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-015-0108-3 DO - 10.1186/s40168-015-0108-3 ID - Adams2015 ER - TY - JOUR AU - Flores, G. E. AU - Bates, S. T. AU - Knights, D. AU - Lauber, C. L. AU - Stombaugh, J. AU - Knight, R. AU - Fierer, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Microbial biogeography of public restroom surfaces JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028132 DO - 10.1371/journal.pone.0028132 ID - Flores2011 ER - TY - JOUR AU - Dunn, R. R. AU - Fierer, N. AU - Henley, J. B. AU - Leff, J. W. AU - Menninger, H. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Home life: factors structuring the bacterial diversity found within and between homes JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0064133 DO - 10.1371/journal.pone.0064133 ID - Dunn2013 ER - TY - JOUR AU - Hastings, J. AU - Jeliazkova, N. AU - Owen, G. AU - Tsiliki, G. AU - Munteanu, C. R. AU - Steinbeck, C. AU - Willighagen, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - eNanoMapper: harnessing ontologies to enable data integration for nanomaterial risk assessment JO - J Biomed Semantics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/s13326-015-0005-5 DO - 10.1186/s13326-015-0005-5 ID - Hastings2015 ER - TY - JOUR AU - Lovett, G. M. AU - Tear, T. H. AU - Evers, D. C. AU - Findlay, S. E. G. AU - Cosby, B. J. AU - Dunscomb, J. K. AU - Driscoll, C. T. AU - Weathers, K. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Effects of air pollution on ecosystems and biological diversity in the eastern United States JO - Ann N Y Acad Sci VL - 1162 UR - https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2009.04153.x DO - 10.1111/j.1749-6632.2009.04153.x ID - Lovett2009 ER - TY - STD TI - The Sustainable Development Goals Interface Ontology (SDGIO) Code Repository [https://github.com/SDG-InterfaceOntology/sdgio]. Accessed 14 Sept 2016. UR - https://github.com/SDG-InterfaceOntology/sdgio ID - ref68 ER - TY - JOUR AU - Colglazier, W. PY - 2015 DA - 2015// TI - SUSTAINABILITY. Sustainable development agenda: 2030 JO - Sci (80-) VL - 349 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad2333 DO - 10.1126/science.aad2333 ID - Colglazier2015 ER - TY - BOOK PY - 2013 DA - 2013// TI - Embedding the Environment in Sustainable Development Goals. UNEP Post-2015 Discussion Paper 1 PB - United Nations Environment Programme (UNEP) CY - Nairobi ID - ref70 ER - TY - STD TI - United Nations. Transforming our world: the 2030 agenda for sustainable development. 2015:A/RES/70/1. ID - ref71 ER - TY - STD TI - General Multilingual Environmental Thesaurus (GEMET). 2012:version 3.1. http://www.eionet.europa.eu/gemet/. Accessed 14 Sept 2016. UR - http://www.eionet.europa.eu/gemet/ ID - ref72 ER - TY - BOOK AU - Schmitt, C. B. AU - Belokurov, A. AU - Besançon, C. AU - Boisrobert, L. AU - Burgess, N. D. AU - Campbell, A. AU - Coad, L. AU - Fish, L. AU - Gliddon, D. AU - Humphries, K. AU - Kapos, V. AU - Loucks, C. AU - Lysenko, I. AU - Miles, L. AU - Mills, C. AU - Minnemeyer, S. AU - Pistorius, T. AU - Ravilious, C. AU - Steininger, M. AU - Winkel, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Global Ecological Forest Classification and Forest Protected Area Gap Analysis. Analyses and Recommendations in View of the 10% Target for Forest Protection under the Convention on Biological Diversity (CBD) PB - University Press CY - Freiburg ID - Schmitt2009 ER - TY - STD TI - Soltwedel T, Schauer U, Boebel O, Nothig EM, Bracher A, Metfies K, Schewe I, Boetius A, Klages M. FRAM - FRontiers in Arctic marine Monitoring Visions for permanent observations in a gateway to the Arctic Ocean. In OCEANS 2013 MTS/IEEE: The Challenges of the Northern Dimension. Bergen: IEEE; 2013. http://ieeexplore.ieee.org/document/6608008/?arnumber=6608008. UR - http://ieeexplore.ieee.org/document/6608008/?arnumber=6608008 ID - ref74 ER - TY - STD TI - The Principles of the OBO Foundry [http://www.obofoundry.org/principles/fp-000-summary.html]. Accessed 14 Sept 2016. UR - http://www.obofoundry.org/principles/fp-000-summary.html ID - ref75 ER - TY - STD TI - The Food Ontology (FOODON) Code Repository [https://github.com/FoodOntology/foodon]. Accessed 14 Sept 2016. UR - https://github.com/FoodOntology/foodon ID - ref76 ER - TY - STD TI - The Agrononomy Ontology (AgrO) code repository [https://github.com/AgriculturalSemantics/agro]. UR - https://github.com/AgriculturalSemantics/agro ID - ref77 ER - TY - BOOK PY - 2012 DA - 2012// TI - IUCN Red List of Ecosystems PB - Com Ecosyst Manag Int Union Conserv Nat Provita CY - Caracas, Venez ID - ref78 ER - TY - JOUR AU - Hardisty, A. AU - Roberts, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - A decadal view of biodiversity informatics: challenges and priorities JO - BMC Ecol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1472-6785-13-16 DO - 10.1186/1472-6785-13-16 ID - Hardisty2013 ER - TY - JOUR AU - Wilkinson, M. D. AU - Dumontier, M. AU - Aalbersberg, I. J. AU - Appleton, G. AU - Axton, M. AU - Baak, A. AU - Blomberg, N. AU - Boiten, J. -. W. AU - Silva Santos, L. B. AU - Bourne, P. E. AU - Bouwman, J. AU - Brookes, A. J. AU - Clark, T. AU - Crosas, M. AU - Dillo, I. AU - Dumon, O. AU - Edmunds, S. AU - Evelo, C. T. AU - Finkers, R. AU - Gonzalez-Beltran, A. AU - Gray, A. J. G. AU - Groth, P. AU - Goble, C. AU - Grethe, J. S. AU - Heringa, J. AU - ‘t Hoen, P. A. AU - Hooft, R. AU - Kuhn, T. AU - Kok, R. AU - Kok, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - The FAIR guiding principles for scientific data management and stewardship JO - Sci Data VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18 DO - 10.1038/sdata.2016.18 ID - Wilkinson2016 ER - TY - STD TI - Shaping the semantic layer by mining digitised data: an encounter between iDigBio’s plant records and the Environment Ontology (ENVO) [https://www.idigbio.org/content/webinar-shaping-semantic-layer-mining-digitised-data-encounter-between-idigbios-plant]. Accessed 14 Sept 2016. UR - https://www.idigbio.org/content/webinar-shaping-semantic-layer-mining-digitised-data-encounter-between-idigbios-plant ID - ref81 ER - TY - STD TI - The Environment Ontology (OWL representation) [http://purl.obolibrary.org/obo/envo.owl]. Accessed 14 Sept 2016. UR - http://purl.obolibrary.org/obo/envo.owl ID - ref82 ER -